CPU切替器でRadeonを使うと切替が上手くいかない件、原因が分かりました。
今日何気なくRadeonマシンで切替してみたところ、解像度がXGAに落ちることなく切り替わってくれました。
「この前と何が違うんだ〜？」と考えてみたところ、どうやらRadeonはDualディスプレイにしていると切替時に解像度がXGAに変えられてしまうみたいです。
ビデオカードを2枚刺しすれば大丈夫なんでしょうが、DualディスプレイのためにDVIx2のビデオカードばかり集めているので、その対策案は余り取りたくないんですよね・・・。